Au terme de sa longue maturation en fût, le vin est mis en bouteille dans un récipient original, le Clavelin, dont la contenance de 62 centilitres (seule dérogation permise par la réglementation Européenne dans ce domaine), ainsi que sa forme sont aujourd'hui fixées par la législation. C'est en effet la seule bouteille autorisée pour la commercialisation du Vin Jaune.
Le fait que les 62 centilitres du Clavelin correspondent à peu près à ce qu'il reste d'un litre de vin mis en maturation six ans auparavant, ainsi que le rapporte la tradition orale, ne suffit pas à expliquer l'origine de ce type de bouteille.
Le modèle du Clavelin correspond en fait à une adaptation de la bouteille dite "Anglaise". C'est d'ailleurs sous le terme " d'Anglaise Clavelin 65 cl " que les vignerons au 19ème siècle en passent commande à la verrerie de la Vieille-Loye, dans le Jura, qui en a assuré la création et la fabrication régulière jusqu'en 1885. Puis après cette date, la production a décliné, jusqu'à la fermeture de l'établissement en 1931.
Il semble bien établi que le mot "Clavelin", utilisé aujourd'hui comme nom commun pour désigner la bouteille à Vin Jaune, trouve son origine dans un patronyme fréquent dans la région de Château-Chalon. Mais la date et les circonstances précises du passage du nom propre au nom commun reste encore hypothétiques.